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蛋白质相互作用数据库-蛋白质间相互作用的主要结构模型

蛋白质工程 1个月前 (04-14) 12

本篇文章给大家分享蛋白质相互作用数据库，以及蛋白质间相互作用的主要结构模型对应的知识点，希望对各位有所帮助。

文章信息一览：

GO分析，即基因本体论（Gene Ontology）分析，是一个用于解释和代表基因产品在细胞内的功能、细胞成分和生物过程中的角色的方法。GO分析常用于解释高通量的基因或蛋白质数据，如微阵列实验或质谱实验结果。

对于Gene ontology 而言，目前共有2万多个Go trems。做完富集分析后，我们可能会得到几百甚至几千个富集到的GO terms，这样的一个数据量对于人工一个个检索而言，仍然是一个艰巨的任务。

（图片来源网络，侵删）

分析结果。所以最重要的工作就是数据的准备。需要的数据包括包含全部geneID（背景基因名，一般是研究物种的全部基因）的文件，需要进行富集分析的geneID（差异表达基因或感兴趣的基因）文件，还有gene-to-GO的注释文件。

GO分析和KEGG分析是生物信息学中常用的两种方法。它们都是用来研究基因功能的。基本概念：GO分析是通过对基因的序列信息进行分析来确定基因的功能的。KEGG分析是通过对基因的表达信息进行分析来确定基因的功能的。

singleR分析得到的按细胞类型分类，monocle分析得到的按拟时状态（state）分类。

（图片来源网络，侵删）

蛋白质结构数据库（Protein Data Bank，简称PDB）是美国纽约Brookhaven国家实验室于1***1年创建的。

NCBI NCBI下有很多数据库，以下是蛋白质序列 PopSet包含研究一个人群、一个种系发生或描述人群变化的一组组联合序列。PopSet既包含核酸序列数据又包含蛋白质序列数据。

GenBank数据库结构完整的GenBank数据库包括序列文件，索引文件以及其它有关文件。索引文件是根据数据库中作者、参考文献等建立的，用于数据库查询。

二次数据库种类繁多，以核酸数据库为基础构建的二次数据库有基因调控转录因子数据库TransFac，真核生物启动子数据库EPD，克隆载体数据库Vector，密码子使用表数据库CUTG等。

生物信息学的蛋白分子研究通常包括以下几个步骤：蛋白质序列分析利用生物信息学工具和数据库（例如NCBI、UniProt）获取蛋白质的氨基酸序列。

双向凝胶电泳技术及质谱基础的蛋白质组学研究程序为样品制备→等电聚焦→聚丙烯酰胺凝胶电泳→凝胶染色→挖取感兴趣的蛋白质点→胶内酶切→质谱分析确定肽指纹图谱或部分氨基酸序列→利用数据库确定蛋白。

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