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关于生物信息数据库的问题-生物信息领域常用的数据库

生物信息 3周前 (04-26) 7

文章阐述了关于关于生物信息数据库的问题，以及生物信息领域常用的数据库的信息，欢迎批评指正。

文章信息一览：

Bioinformatics是作为生物信息学最重要的专门期刊了。2012年度IF=468 另外还有Briefings in Bioinformatics，这个杂志每年的发稿量少，最近几年IF波动很大，第一年24+，后来到9+，2012年度IF=202。

个。根据查询生物信息库***可知，为方便管理各种生物数据，科学家们开发了各式各样的生物数据库，至2011年，在线生物信息学数据库总数已达1330个。生物信息库是国家基因库的一个分支，是一个开放性、公益性平台。

（图片来源网络，侵删）

基因库GENEBANK，蛋白库UNIPROT，结构库PDB，功能分类 GO库，通路库 KEGG。不用专注于4这个数字。随着科研的进步还会有更多的数据库出来。

一般来说所用的分析工具有在线跟下载的下面简要列举一些常用在线软件的使用使用VecScreen工具，分析下列未知序列，输出序列长度、载体序列的区域、可能使用的克隆载体都有哪些。

DDBJ（DNA Data Bank of Japan）：DDBJ是日本的国家生物信息学中心，成立于1986年。DDBJ的主要职责是收集、存储、分析和发布日本的生物数据，包括DNA序列、蛋白质序列、基因组数据等。

（图片来源网络，侵删）

基因组数据库：这些数据库存储了各种生物体的基因组序列信息，包括DNA序列、RNA序列和蛋白质序列等。这些数据库的特点是数据量大、复杂度高，需要使用专业的生物信息学工具进行分析和解释。

生物制药常用的数据分析软件包括SPSS、SAS、R语言、Python和MATLAB等。这些软件在生物制药领域的数据处理、统计分析、数据可视化以及机器学习等方面发挥着重要作用。

我原来常用的：NCBI：持有INSDC的节点。网站上有核酸、蛋白、基因名、基因组名等等的搜索工具，以及BLAST序列比对搜索工具，PUBMED文献数据库，Taxonomy数据，COG蛋白家族库等等。

EndNote X9：一个专门用于管理参考文献数据库的软件，有了它，再也不用手动给参考文献编号。 DNAMAN 9：一款高度集成化的分子生物学应用软件。主要功能包括多重序列对比、PCR引物设计、蛋白质分析、质粒绘图等功能。

生物信息学是研究生物信息的***集，处理，存储，传播，分析和解释等各方面的一门学科，研究重点主要体现在基因组学和蛋白质组学两方面，具体说就是从核酸和蛋白质序列出发，分析序列中表达的结构功能的生物信息。

．基因表达（Gene Expression），研究基因到蛋白质信息传递的过程，尤其是核糖体合成在整个细胞生命过程中的重要作用。

生物信息学的主要研究内容序列比对（Alignment）基本问题是比较两个或两个以上符号序列的相似性或不相似性。序列比对是生物信息学的基础，非常重要。

首先是自我介绍。为什么选择香港中文大学，有申请别的学校吗。为什么选择这个专业。本科做过的项目和研究方向。未来的规划。

生物信息学看待生物现象及问题的专业视角是：生物学、计算机科学、统计学的交叉学科。20世纪后期，生命科学技术迅猛发展，无论是在数量上还是在质量上都极大的丰富了生命科学的数据资源。

生物信息学数据库是生物信息学领域的重要部分，它们存储、管理和分析了大量生物数据，为科研人员提供有价值的信息。国际上最主要的三大生物信息学数据库是NCBI、EMBL和DDBJ。

生物信息学的数据库的类型有基因组数据库、蛋白质数据库、代谢组数据库、基因调控数据库、生物样本数据库，具体特点如下：基因组数据库：这些数据库存储了各种生物体的基因组序列信息，包括DNA序列、RNA序列和蛋白质序列等。

按大小可以分为公共数据库从公共数据库中取数据做进一步处理的专业数据库，提供更多的分析工具按功能分可以有基因库GENEBANK，蛋白库UNIPROT，结构库PDB，功能分类 GO库，通路库 KEGG。不用专注于4这个数字。

Bold数据库是一种针对科研领域的生物信息学数据库，其目的是为了提供基因组学、蛋白质组学以及其他分子生物学领域的数据资源和分析工具。

将不同的版本作了整合之后的参考序列。其中NM_*表示核酸序列，NP_*表示蛋白序列。其中核酸给出了ID号，名称，物种，特征，编码区，序列等信息。蛋白还给出了功能区间信息。

GreenGenes：也是16S库，不过它只收集比较全的序列。它提供了一个16S的标准化比对，并基于这个东西搞了个物种分类工具。EMBOSS：一个工具包，提供了几百个进行序列操作的工具。BioPerl、BioPython：Perl和Python的生物学模块。

网络信息资源的特点和类型包括以下几个方面：按照载体和通信通道划分：- 联机信息资源：通过在线系统提供的实时信息。- 光盘信息资源：存储在光盘介质上的信息资源。- Internet信息资源：通过互联网传播的信息资源。

关于关于生物信息数据库的问题，以及生物信息领域常用的数据库的相关信息分享结束，感谢你的耐心阅读，希望对你有所帮助。